يتساءل العديد من الأشخاص حول مصير الأجنة بعد فشل عملية الحقن المجهري. يجب أن نعلم أن الأجنة هي خلايا صغيرة لا يمكن رؤيتها بالعين المجردة. إذا لم يتمكن الجنين من الانغراس في بطانة الرحم، فإنه يتوقف عن النمو وتموت خلاياه. يقوم الجسم بامتصاص الأجنة بشكل تلقائي.

في بعض الحالات، قد لا يتم تخصيب البويضات خلال عملية الحقن المجهري، ويحدث ذلك نتيجة ضعف الحيوانات المنوية أو جودة منخفضة للبويضات التي تم سحبها من مبايض المرأة.

يوصي الأطباء بالانتظار لمدة شهرين على الأقل قبل إعادة تكرار عملية أطفال الأنابيب أو الحقن المجهري. تسمح هذه الفترة لجسم المرأة بالعودة إلى دورة شهرية طبيعية. بالطبع، يمكن للزوجين أن ينتظروا لفترة أطول لاستعادة صحتهم النفسية وأن يكونوا جاهزين تمامًا لإعادة عملية أطفال الأنابيب أو الحقن المجهري.

تبلغ نسبة نجاح عملية أطفال الأنابيب حوالي 35% من المرة الأولى للنساء اللاتي تتراوح أعمارهنّ بين العشرينيات والثلاثينيات، وتزداد نسب النجاح مع تكرار عملية أطفال الأنابيب فتصل إلى 55% تقريبًا، ذلك إلى جانب وجود الكثير من العوامل المؤثرة على نسبة نجاح أطفال الأنابيب مثل: صحة الزوجين.

يمكن أن يقرّر الطبيب في بعض الحالات خضوع المرأة لتنظيف الرحم بعد فشل عمليّة أطفال الأنابيب وذلك لإزالة أي أنسجة متبقيّة من الجنين في الرحم. في معظم الحالات، عندما لا يحدث الحمل بعد عمليّة الحقن المجهري أو أطفال الأنابيب، يكون السبب عدم انغراس الجنين في بطانة الرحم، وبالتالي لا يحتاج الرحم إلى التنظيف.

لايوجد حد معين، إلا أن القيام بهذا الإجراء عدة مرات يؤدي إلى انخفاض احتمال حصول حمل، وفي بعض الحالات يتوجب القيام بعدة محاولات إلى حين حصول الحمل، حيث أن بعض الحالات تطلبت 8 أو 10 محاولات حتى حصل الحمل.